一、改變經(jīng)營方式，進行增值稅與營業(yè)稅納稅人身份的籌劃
物流企業(yè)主要從事代理服務和運輸、倉儲等業(yè)務，因為同時涉及交通運輸業(yè)和服務業(yè)，且兩種行業(yè)的稅率又有所不同，同時，物流企業(yè)兼營增值稅業(yè)務和混合銷售業(yè)務，這就為其進行稅務籌劃提供了空間。在這種情況下，就要進行增值稅和營業(yè)稅的納稅籌劃。
（一）對納稅人身份進行籌劃的計算方法
1.無差別平衡點增值率辨別法。增值稅的計算是以增值額作為計稅基礎，營業(yè)稅的計算是以全部收入作為計稅基礎。在銷售價格相同的情況下，稅負的高低主要取決于增值率的大小。一般來說，對于增值率高的企業(yè)，適于作營業(yè)稅納稅人，反之則選擇作增值稅納稅人。在增值率達到某一數(shù)值時，兩種納稅人的稅負相等。這一數(shù)值我們稱之為無差別平衡點增值率。其計算公式為：
一般納稅人應納增值稅稅額=銷項稅額-進項稅額=[銷售額×增值稅稅率]-[銷售額×（1-增值率）×增值稅稅率]=銷售額×增值稅稅率×[1-(1-增值率)]=銷售額×增值稅稅率×增值率（注：銷售額與購進項目金額均為不含稅金額）
營業(yè)稅納稅人應納稅額=含稅銷售額×營業(yè)稅稅率=銷售額×（1+增值稅稅率）×營業(yè)稅稅率（注：營業(yè)稅的計稅依據(jù)為全部銷售額）
當兩者稅負相等時可以得出，增值率=（1+增值稅稅率）×營業(yè)稅稅率÷增值稅稅率
當增值率低于無差別平衡點增值率時，營業(yè)稅納稅人的稅負重于增值稅納稅人，適于選擇作增值稅納稅人，反之適于選擇作營業(yè)稅納稅人。
2.無差別平衡點抵扣率辨別法。從另一角度來看，增值稅納稅人稅負的高低取決于可抵扣進項稅額的多少。通常情況下，若可抵扣的進項稅額較多，則適宜作增值稅納稅人，反之則適宜作營業(yè)稅納稅人。當?shù)挚垲~占銷售額的比重（抵扣率）達到某一數(shù)值時，兩種納稅人的稅負相等，稱之為無差別平衡點抵扣率。其計算公式為：
因為，增值率=（銷售額-可抵扣購進項目金額）÷銷售額=1-可抵扣購進項目金額÷銷售額=1-抵扣率（注：銷售額與購進項目金額均為不含稅金額）
所以，進項稅額=可抵扣購進項目金額×增值稅稅率=銷售額×（1-增值率）×增值稅稅率
因此，一般納稅人應納增值稅額=銷項稅額-進項稅額=銷售額×增值稅稅率×[1-（1-增值率）]=銷售額×增值稅稅率×增值率=銷售額×增值稅稅率×（1-抵扣率）
營業(yè)稅納稅人應納稅額=含稅銷售額×營業(yè)稅稅率=銷售額×（1+增值稅稅率）×營業(yè)稅稅率。
當兩者稅負相等時，即：銷售額×增值稅稅率×（1-抵扣率）=銷售額×（1+增值稅稅率）×營業(yè)稅稅率，導出，抵扣率=1-（1+增值稅稅率）×營業(yè)稅稅率／增值稅稅率。
當增值率高于無差別平衡點的抵扣率時，增值稅納稅人的稅負輕于營業(yè)稅納稅人，適宜選擇作增值稅納稅人，反之適宜作營業(yè)稅納稅人。
（二）納稅人身份的籌劃
此外，對物流企業(yè)進行的混合銷售和兼營行為，還應當思考納稅人身份的問題。首先，稅法規(guī)定兼營行為的征稅辦法是：納稅人能分開核算的分別征收增值稅和營業(yè)稅；不能分開核算的，一并征收增值稅。這一征稅規(guī)定說明，在兼營行為中，對屬于營業(yè)稅范圍的應稅勞務，納稅人可以選擇是否分開核算，并以此選擇是繳納增值稅還是營業(yè)稅。其次，對混合銷售的稅務處理辦法是：從事貨物的生產(chǎn)、批發(fā)或零售的企業(yè)、企業(yè)性單位及個體經(jīng)營者，以及以貨物的生產(chǎn)、批發(fā)或零售為主，兼營非應稅勞務的企業(yè)、企業(yè)性單位以及個體經(jīng)營者的混合銷售行為，視為銷售貨物，應當征收增值稅。這里所謂的“以從事貨物的生產(chǎn)、批發(fā)或零售為主，并兼營非應稅勞務”，是指在納稅人的年貨物銷售額與非應稅勞務營業(yè)額的總額中，年貨物銷售額超過50%，非應稅勞務不到50%。因此，納稅人可以通過控制應稅貨物和應稅勞務所占的比例來達到選擇繳納低稅負稅種的目的。
二、將轉(zhuǎn)銷變?yōu)榇磉M行增值稅籌劃
在對納稅人身份進行籌劃的同時，物流企業(yè)還可以通過將轉(zhuǎn)銷業(yè)務變?yōu)榇礓N售業(yè)務進行納稅籌劃，以達到增加收入并節(jié)約稅收支出的目的。
