1 內部控制制度不健全，會計監(jiān)督不力
完善的內部控制制度是保障高校財產(chǎn)物資安全完整的基礎，高校財務管理制度和辦法經(jīng)過多年的發(fā)展，但仍不是很完善，具體表現(xiàn)在：(1)內部控制制度內容不全。有些高校對于許多的建設和投資項目的監(jiān)督、論證和決策等方面并未建立內部控制制度來進行有效的監(jiān)控，導致對外投資決策發(fā)生失誤，為高校造成了不必要的損失。(2)內部控制范圍不夠廣泛。有些高校對財政性資金的內部控制較為嚴格，強調對財政性資金的內部控制，而忽視了對預算外資金的內部控制；有些高校來將二級單位財務納入內部控制的范圍，或控制不嚴、監(jiān)督不力，致使出現(xiàn)非法集資、高息攬存、發(fā)放貸款等違規(guī)資金運作現(xiàn)象。(3)內部控制制度形同虛設。有些高校雖建有內部控制制度，但沒有在實踐中嚴格執(zhí)行。
2 預算管理不完善，預算執(zhí)行不嚴格
預算管理是高校財務管理的中心環(huán)節(jié)。高校各項費用的收支都應按部門預算來執(zhí)行，但在實際工作中一些高校對于教育事業(yè)經(jīng)費預算重視不夠，往往因為預算編制時間過短或是預算編制過程透明度不夠等原因造成了預算不準確或覆蓋面不夠廣泛，不能夠客觀、全面地反映學校財務收支狀況和高校的工作重點及發(fā)展方向。3財務分析工作薄弱
伴隨著高等教育的發(fā)展，社會主義市場經(jīng)濟的建立和發(fā)展。加快了高校融入社會的進程，高校經(jīng)濟活動內容日益廣泛，財務風險也在不斷加大，財務分析、財務決策已越來越成為高校財務管理的重要內容。盡管，高校財務會計制度統(tǒng)一了核算口徑，提供了財務分析指標，但財務分析指標沒有包括事業(yè)發(fā)展速度、經(jīng)濟效果等方面的內容。財務分析指標不健全；同時。長期以來，忽視財務分析，缺乏經(jīng)驗分析數(shù)據(jù)，嚴重影響了高校財務管理水平的提高。4資產(chǎn)管理制度不完善，資產(chǎn)價值反映不實
各院校普遍存在資產(chǎn)管理制度不完善。價值反映不實的現(xiàn)象。一方面，因資產(chǎn)盤虧、報廢、毀損、房屋拆除等正常因素造成的固定資產(chǎn)價值減少未能及時辦理減值手續(xù)，造成賬面價值大于實物價值。另一方面，由于一些主客觀因素造成基建工程竣工交付使用后，未及時辦理財務竣工決算手續(xù)，也未按暫估價及時入賬，確認新增固定資產(chǎn)價值的周期過長，造成資產(chǎn)管理部門與財務部門的新增固定資產(chǎn)確認時間不一致。
3 科研經(jīng)費管理不規(guī)范，結題不結帳
按照高校財務制度規(guī)定，高等學校同有關部門取得指定項目和用途并且要求單獨核算的專項資金，應當按照要求定期報送資金的使用情況，項目完成以后，應當報送資金支出結算和使用情況的書面報告，并且接受有關部門的驗收、檢查。目前各高校未嚴格執(zhí)行上述規(guī)定，導致科研經(jīng)費管理混亂。
正是由于這些問題，導致高校國有資產(chǎn)低效運作、浪費、流失等狀況。
(1)控制環(huán)境建設。
控制環(huán)境決定了組織的基調，設定了人們的控制意識。控制環(huán)境包括：高校的道德價值觀、高校員工的能力、領導哲學和風格、管理授權和責任、組織開發(fā)員工的方法等。
(2)組織規(guī)劃控制。
組織規(guī)劃控制包括兩個方面：其一，不相容職務分離。主要是貨幣資金日常管理的職務分離、存貨日常管理的職務分離(如存貨的采購、保存、處理等活動)、固定資產(chǎn)管理的職務分離、工程建設中的職務分離、校辦產(chǎn)業(yè)管理的職務分離等。其二，組織機構的相互控制。具體要求是：各組織機構的職責權限必須得到授權，并保證在授權范圍內的職權不受外界干預；每類經(jīng)濟業(yè)務在運行中必須經(jīng)過不同的部門并保證在有關部門之間進行相互檢查；在每項經(jīng)濟業(yè)務的檢查中，檢查者應保持相對獨立，以保證被檢查出的問題得以解決。
(3)授權批準控制。
授權批準有常規(guī)授權和特別授權兩種形式；常規(guī)授權是對辦理一般經(jīng)濟業(yè)務時權利等級和批準條件的規(guī)定，通常在單位的內部控制中予以明確；特別授權是對特別經(jīng)濟業(yè)務處理的權利等級和批準條件的規(guī)定。如當某項經(jīng)濟業(yè)務的數(shù)額超過某部門的批準權限時，只有經(jīng)過特別授權批準才能處理。
(4)財產(chǎn)物資控制。
高校的財產(chǎn)物資分布在各個院系及部門，由各院系或部門對財產(chǎn)物資進行直接管理。由于高校的財產(chǎn)物資屬于國有資產(chǎn)，對于資產(chǎn)的維護及管理的嚴格程度相對較松，高校制定的財產(chǎn)物資管理制度在使用、管理及后期處置這些環(huán)節(jié)的執(zhí)行不嚴，或者缺乏制度。財產(chǎn)物資控制主要包括限制接近控制、定期清查控制和資產(chǎn)管理人員的責任制度三方面。
(5)預算控制。
高等院校的預算管理是高校財務部門的重點工作，財務部門一般都設置專門科室對學校的預算收入、支出進行測算，對預算支出進行分配、控制，對收入支出結構進行分析，以便為學校領導和各有關方面決策提供信息。內審部門對預算管理進行監(jiān)督。
(6)風險控制。
高校風險管理控制就是及時對高校經(jīng)營中可能發(fā)生的風險進行預測、識別，并采取措施使風險降低。目前多元化的資金來源、大規(guī)模擴建以及加入WTO后世界高校的競爭壓力，給我國高校的經(jīng)營帶來了許多風險。因此，我國高校必須增強風險意識，加強風險管理。應借鑒國外高校的做法，設立專門的風險管理部門識別、評估并采取防范措施把風險降到最低。
(7)業(yè)務活動過程控制。
為配合高校教學科研活動，會發(fā)生籌資、投資、基建、采購、后勤、校辦產(chǎn)業(yè)等多種經(jīng)濟活動。因此，應按照高校內部各種業(yè)務活動確定的程序、方法、操作規(guī)程和原則，建立各種管理制度與組織機構，并按照高校內部各個職能部門和人員的職責、權限、工作范圍、任務和要求，建立自上而下的崗位責任制度。
(8)制度文件控制。
制度文件控制是指在業(yè)務處理過程中，把高校管理的要求、有關注意事項以及流程等，形成書面文件、規(guī)章制度，如高校的各種管理規(guī)章制度、流程圖等，下發(fā)給各級工作人員，明示相關人員遵照執(zhí)行，做到“有據(jù)可查、有據(jù)可依”。
(9)監(jiān)督評價機制。
對高校的監(jiān)督評價分為外部監(jiān)督和內部監(jiān)督兩種：高校的主管部門進行外部監(jiān)督，形式主要是外部審計和財務報表；高校內部進行內部監(jiān)督評價，形式是內部審計、紀檢監(jiān)察部門的監(jiān)督。紀檢監(jiān)察部門本應是主管設在高校內部的監(jiān)督部門，應屬于外部監(jiān)督，由于其職員隸屬高校，獨立性差，所以這里作為內部監(jiān)督機構。
總之，在市場經(jīng)濟的條件下，高校為了能夠更好地生存和發(fā)展，實現(xiàn)社會效益和經(jīng)濟效益雙贏的目標，就必須保證教學質量提高的總目標下在財務管理模式上不斷創(chuàng)新，努力提高財務管理水平，使財務管理在體制上更趨成熱、在機制上更加有效，使高校成為一個資源配置合理、資源充分利用的節(jié)約型、效益型高校。
