依據(jù)1998年11月財政部會同衛(wèi)生部發(fā)布的《醫(yī)院會計制度》（財會字[1998]58號）（以下簡稱原制度），設(shè)置的會計科目為43個總賬科目（見表2?1），新制度為52個總賬科目（見表2?2）。
表2?1原制度下的會計科目表
序號編號名稱
一、資產(chǎn)類
01101現(xiàn)金
02102銀行存款
03109其他貨幣資金
04111應(yīng)收在院病人醫(yī)藥費
05113應(yīng)收醫(yī)療款
06114壞賬準備
07119其他應(yīng)收款
08121藥品
09122藥品進銷差價
10123庫存物資
11l25在加工材料
12131待攤費用
13141對外投資
14151固定資產(chǎn)
15153在建工程
（續(xù)）
序號編號名稱
16161無形資產(chǎn)
17171開辦費
18181待處理財產(chǎn)損溢
二、負債類
19201短期借款
20202應(yīng)付賬款
21204預(yù)收醫(yī)療款
22205應(yīng)付工資
23207應(yīng)付社會保障費
24209其他應(yīng)付款
25211應(yīng)繳超收款
26221預(yù)提費用
27231長期借款
28241長期應(yīng)付款
三、凈資產(chǎn)類
29301事業(yè)基金
30302固定基金
31303專用基金
32305收支結(jié)余
33306結(jié)余分配
四、收支類
34401財政補助收入
35402上級補助收入
36403醫(yī)療收入
37404藥品收入
38409其他收入
39411醫(yī)療支出
40412藥品支出
41415管理費用
42416財政專項支出
43419其他支出
表2?2新制度下的會計科目表
序號編號名稱
一、資產(chǎn)類
1 1001 庫存現(xiàn)金
2 1002 銀行存款
3 1003 零余額賬戶用款額度
（續(xù)）
序號編號名稱
4 1004 其他貨幣資金
5 1101 短期投資
6 1201 財政應(yīng)返還額度
120101 財政直接支付
120102 財政授權(quán)支付
7 1211 應(yīng)收在院病人醫(yī)療款
8 1212 應(yīng)收醫(yī)療款
9 1215 其他應(yīng)收款
10 1221 壞賬準備
11 1231 預(yù)付賬款
12 1301 庫存物資
13 1302 在加工物資
14 1401 待攤費用
15 1501 長期投資
150101 股權(quán)投資
150102 債權(quán)投資
16 1601 固定資產(chǎn)
17 1602 累計折舊
18 1611 在建工程
19 1621 固定資產(chǎn)清理
20 1701 無形資產(chǎn)
21 1702 累計攤銷
22 1801 長期待攤費用
23 1901 待處理財產(chǎn)損溢
二、負債類
24 2001 短期借款
25 2101 應(yīng)繳款項
26 2201 應(yīng)付票據(jù)
27 2202 應(yīng)付賬款
28 2203 預(yù)收醫(yī)療款
29 2204 應(yīng)付職工薪酬
30 2205 應(yīng)付福利費
31 2206 應(yīng)付社會保障費
32 2207 應(yīng)交稅費
33 2209 其他應(yīng)付款
34 2301 預(yù)提費用
35 2401 長期借款
36 2402 長期應(yīng)付款
（續(xù)）
序號編號名稱
三、凈資產(chǎn)類
37 3001 事業(yè)基金
38 3101 專用基金
39 3201 待沖基金
320101 待沖財政基金
320102 待沖科教項目基金
40 3301 財政補助結(jié)轉(zhuǎn)（余）
41 3302 科教項目結(jié)轉(zhuǎn)（余）
42 3401 本期結(jié)余
43 3501 結(jié)余分配
四、收入類
44 4001 醫(yī)療收入
400101 門診收入
400102 住院收入
45 4101 財政補助收入
410101 基本支出
410102 項目支出
46 4201 科教項目收入
47 4301 其他收入
五、費用類
48 5001 醫(yī)療業(yè)務(wù)成本
49 5101 財政項目補助支出
50 5201 科教項目支出
51 5301 管理費用
52 5302 其他支出
新制度按照有關(guān)財政管理改革政策要求以及其他改革要求，對原制度下的科目體系進行了全面梳理和完善：
①按照國庫管理改革要求，增設(shè)“零余額賬戶用款額度”、“財政應(yīng)返還額度”科目。
②按照部門預(yù)算管理要求，增設(shè)“財政補助結(jié)轉(zhuǎn)（余）”科目，并要求“財政補助結(jié)轉(zhuǎn)（余）”、“財政補助收入”、“財政項目補助支出”、“醫(yī)療業(yè)務(wù)成本”、“管理費用”等科目按照或參照政府收支分類科目設(shè)置明細科目。
③按照行政事業(yè)單位工資津補貼改革要求，將原“應(yīng)付工資”科目（或“211應(yīng)付工資（離退休費）”、“212應(yīng)付地方（部門）津貼補貼”、“213應(yīng)付其他個人收入”科目）名稱改為“應(yīng)付職工薪酬”，并要求按國家有關(guān)規(guī)定設(shè)置明細科目，進行明細核算。
④適應(yīng)醫(yī)院業(yè)務(wù)核算要求，增設(shè)“短期投資”、“預(yù)付賬款”、“固定資產(chǎn)清理”、“長期待攤費用”、“應(yīng)付票據(jù)”、“應(yīng)付福利費”、“應(yīng)交稅費”等科目。
⑤適應(yīng)本次改革要求，增設(shè)“累計折舊”、“累計攤銷”、“待沖基金”、“科教項目結(jié)轉(zhuǎn)”、“科教項目收入”、“科教項目支出”等科目。
⑥適應(yīng)本次改革要求取消藥品售價核算而取消了“藥品進銷差價”科目。
⑦因醫(yī)院業(yè)務(wù)變化將“應(yīng)繳超收款”科目改為“應(yīng)繳款項”科目。
⑧因本次計提折舊改革取消了“固定基金”科目、“專用基金”科目中的“修購基金”明細科目。
⑨因考慮重要性原則取消了“開辦費”，開辦費在醫(yī)院開業(yè)時計入管理費用。
取消“上級補助收入”等科目，而將相關(guān)核算內(nèi)容并入“其他收入”等科目。
除會計科目數(shù)量、名稱方面的調(diào)整外，新制度還對各科目的確認、計量等核算內(nèi)容做了更為全面、詳細的規(guī)定。
具體變動情況可總結(jié)歸納如下六類：
（1）新舊制度下，名稱未變、實質(zhì)未變的科目有17個，即：
? 銀行存款、其他貨幣資金、 應(yīng)收醫(yī)療款、其他應(yīng)收款、壞賬準備、待攤費用（6個）
? 短期借款、應(yīng)付賬款、預(yù)收醫(yī)療款、其他應(yīng)付款、預(yù)提費用、長期借款、長期應(yīng)付款（7個）
? 結(jié)余分配、財政補助收入、管理費用、待處理財產(chǎn)損溢（4個）。
（2）新舊制度下，名稱變化、實質(zhì)未變的科目有4對，即：
? 庫存現(xiàn)金現(xiàn)金
? 應(yīng)收在院病人醫(yī)療款應(yīng)收在院病人醫(yī)療費
? 在加工物資在加工材料
? 財政項目補助支出財政專項支出
（3）新舊制度下，名稱未變、實質(zhì)變化的科目有9個，即：
? 庫存物資、固定資產(chǎn)、在建工程、無形資產(chǎn)（4個）
? 事業(yè)基金、專用基金（2個）
? 醫(yī)療收入、其他收入、其他支出（3個）
（4）新舊制度下，名稱變化、實質(zhì)變化的科目有6對，即：
? 短期投資、長期投資對外投資
? 應(yīng)付職工薪酬應(yīng)付工資
? 應(yīng)付社會保障費應(yīng)付社會保障金
? 應(yīng)繳款項應(yīng)繳超收款
? 醫(yī)療業(yè)務(wù)成本醫(yī)療支出、藥品支出
? 本期結(jié)余收支結(jié)余
（5）新制度增加了14個一級科目，即：
? 零余額賬戶用款額度、財政應(yīng)返還額度、預(yù)付賬款（3個）
? 累計折舊、累計攤銷、長期待攤費用（3個）
? 應(yīng)付福利費、應(yīng)付票據(jù)、應(yīng)交稅費（3個）
? 財政補助結(jié)余、科教項目結(jié)余、待沖基金（3個）
? 科教項目收入、科教項目支出（2個）
（6）新制度刪除了6個科目，即：
? 藥品、藥品進銷差價、開辦費（3個）
? 藥品收入、藥品支出（2個）
? 固定基金（1個）
