一是任務難完成。其一，工作任務重、審計力量不足?；鶎涌h市審計局目前在崗人員一般在30人左右，審計管轄范轉內的財政一級預算單位100個左右,具有獨立法人的二級單位300個左右,審計人員少、審計任務重。即使審計人員滿負荷地工作，一年只能完成50個左右審計項目，難以達到上級提出的“三年一輪審，重點單位一年一審計”的要求。其二，審計人員素質參差不齊，整體水平不高，制約著工作進展。審計局作為地方政府的一個職能部門，沒有人事支配權，專業(yè)人員進不來，地方的人事安排又必須服從，諸如：軍轉、復退軍人安置、人事調動、領導班子調配等人員都得接受，導致審計人員相當一部分是半路出家，業(yè)務知識不強，加之地方財政困難，沒有經費安排審計人員培訓深造，業(yè)務水平提高不快，難以達到新時期審計工作的要求，給審計任務的完成，審計質量的提高帶來相當大的困難。
二是工作難協(xié)調。公、檢、法、紀檢、監(jiān)察、審計等執(zhí)紀執(zhí)法部門，是監(jiān)督的重要力量，各方協(xié)調配合，應該說能形成強大的監(jiān)督合力，但在實際工作中，盡管建立了協(xié)調機制，可運作起來，有時還難以奏效，依然存在著各敲各的鑼，各吹各的號。因為基層財力不足，未能實行嚴格的部門預算，部門經費存在較大缺口，在工作中既要考慮社會效益，又要考慮經濟效益，導致各個部門規(guī)定了辦案任務和創(chuàng)收任務。為完成各自的任務，就不可避免出現(xiàn)爭案源、搶案件、“先下手為強”、相互封鎖信息的現(xiàn)象，這既加大了監(jiān)督成本，影響監(jiān)督效果，又損壞了執(zhí)法形象。
三是處罰難到位。從理論上講審計主要是維護國家財政經濟秩序，促進廉政建設。因此對審計查出的問題必須依照法規(guī)進行處罰，但審計部門手段有限,執(zhí)行起來困難重重。有的單位強調經濟困難不愿處罰，有的單位拖著賴著抵制處罰，有的單位找分管領導打招呼減輕處罰.面對種種情況，審計部門往往顯得尷尬和無奈。處罰的軟弱性使審計監(jiān)督的嚴肅性大打折扣，降低了審計的威信，嚴重影響了審計目的的實現(xiàn)。
四是結果難運用。經濟責任審計是新時期下加強對領導干部監(jiān)督的新舉措，審計結果報告以確切的數(shù)據(jù)和具體的事實評價領導個人任期經濟業(yè)績，經濟決策能力及廉政狀況，這“一定量”分析，是對組織人事部門干部考察“定性”概括的有益補充，對組織人事部門選準用好干部具體重要的參考價值，但在干部選撥任用上，還客觀存在著審用脫節(jié)的現(xiàn)象，審計結果得不到充分利用。
以上問題不有效解決，審計隊伍素質和審計質量的提高就難以達到。
