現行科學事業(yè)單位會計核算在反映科研經費特點上，尚有一些不足之處。比如會計科目設置與預算科目設置不一致。不同經費沒有統一的成本核算科目，執(zhí)行不同經費管理辦法，按照不同預算支出科目進行支出核算。同時，現行的會計核算科目與預算支出科目之間也沒有明顯的對應關系。
為實現會計科目與預算科目相銜接，收入科目設置上，在財政補助收入科目下，我們可按照財政設置的科研專項資金類別設立明細科目，科學事業(yè)單位在收到財政資金時按照其來源分別入賬；支出上，建議統一各專項科研項目的預算科目，確定預算支出科目與單位多個會計核算科目之間的映射關系，以利于財務核算的統一性和可比性，為提高整體核算質量打下堅實的基礎，以利于預算執(zhí)行與比較。
會計核算時要考慮到對預算執(zhí)行的控制。科學事業(yè)單位會計制度上要突出要求單位每月結轉財政資金收入、支出，計算每月財政資金的結轉和結余，從而將財政預算資金的管理從結果管理（強調預算零結余）轉變成過程管理（強調預算執(zhí)行），相應科目設置上也要對應財政資金類別分別設置相應結轉與結余科目。對于基建支出，建議考慮將基建支出與科研支出合并統一核算，將基建支出作為一個項目支出核算，同時對基建支出的原始票據進行復印，用復印件作為依據，按照基建經費管理要求做基建輔助賬。
會計核算上，如何做到真正的科研項目全成本核算？我們建議科研成本核算參考制造成本法思路，將科研成本分科研直接材料成本、科研直接人工成本和科研間接成本，科研項目經費安排上考慮科研直接人工成本和科研間接成本，會計核算上則以權責發(fā)生制為基礎，將科研單位公共資源的資產占用成本通過折舊等攤銷方式進科研項目成本，真正實現科研項目經費的全成本核算。對科研間接成本進行分類并制定統一的分攤標準，在預算中充分考慮間接費用，科研承擔單位在核算中嚴格執(zhí)行預算金額，控制間接費用的開支，這樣可以鼓勵單位多爭取科研項目來不斷提高科研水平，積累單位自有資金，改善單位科研環(huán)境和公共設施，提高科研人員待遇，調動科研單位和科研人員積極性。
