《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）規(guī)定，自2007年2月1日起直接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的，納稅人應進行土地增值稅的清算。
在具體計算土地增值稅的扣除項目金額時，國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《土地增值稅宣傳提綱》的通知（國稅函發(fā)〔1995〕110號）、《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅〔1995〕48號）、《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》（財稅〔2006〕21號）等文件中有詳細規(guī)定，納稅人應注意區(qū)分以下6種情況。
?。ㄒ唬θ〉猛恋鼗蚍康禺a(chǎn)使用權(quán)后，未進行開發(fā)即轉(zhuǎn)讓的，計算其增值額時，只允許扣除取得土地使用權(quán)時支付的地價款、交納的有關(guān)費用，以及在轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)繳納的稅金，不能依照《土地增值稅暫行條例實施細則》的規(guī)定，享受20%加計扣除的政策規(guī)定。這項規(guī)定的目的是抑制“炒”買“炒”賣地皮的行為。
（二）對取得土地使用權(quán)后投入資金，將生地變?yōu)槭斓剞D(zhuǎn)讓的，計算其增值額時，允許扣除取得土地使用權(quán)時支付的地價款、交納的有關(guān)費用，和開發(fā)土地所需成本再加計開發(fā)成本的20%以及在轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)繳納的稅金。這里的生地是指不具有城市基礎(chǔ)設(shè)施的土地，熟地是指具有完善的城市基礎(chǔ)設(shè)施且土地平整，能直接在其上進行房屋建設(shè)的土地。
（三）對取得土地使用權(quán)后進行房地產(chǎn)開發(fā)建造的，在計算其增值額時，允許扣除取得土地使用權(quán)時支付的地價款和有關(guān)費用、開發(fā)土地和新建房及配套設(shè)施的成本和規(guī)定的費用、轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金，并允許加計20％的扣除。需要說明的是，計算土地增值稅時，按取得土地使用權(quán)所支付的金額與房地產(chǎn)開發(fā)成本之和加計20％的扣除規(guī)定僅適用于從事房地產(chǎn)開發(fā)的納稅人。
?。ㄋ模τ谝苑康禺a(chǎn)進行投資、聯(lián)營的，投資、聯(lián)營的一方以土地（房地產(chǎn)）作價入股進行投資或作為聯(lián)營條件，將房地產(chǎn)轉(zhuǎn)讓到所投資、聯(lián)營的企業(yè)中時，暫免征收土地增值稅。對投資、聯(lián)營企業(yè)將上述房地產(chǎn)再轉(zhuǎn)讓的，應征收土地增值稅。但對于以土地（房地產(chǎn)）作價入股進行投資或聯(lián)營的，凡所投資、聯(lián)營的企業(yè)從事房地產(chǎn)開發(fā)的，或者房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)以其建造的商品房進行投資和聯(lián)營的，均不適用《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字〔1995〕048號）第一條暫免征收土地增值稅的規(guī)定。
?。ㄎ澹┮虺鞘袑嵤┮?guī)劃，國家建設(shè)的需要而被政府批準征用的房產(chǎn)或收回的土地使用權(quán)免征土地增值稅。
?。┪崔k理土地使用權(quán)證轉(zhuǎn)讓土地也應依法繳納土地增值稅等相關(guān)稅收?！秶叶悇?wù)總局關(guān)于未辦理土地使用權(quán)證轉(zhuǎn)讓土地有關(guān)稅收問題的批復》（國稅函〔2007〕645號）規(guī)定，土地使用者轉(zhuǎn)讓、抵押或置換土地，無論其是否取得了該土地的使用權(quán)屬證書，無論其在轉(zhuǎn)讓、抵押或置換土地過程中是否與對方當事人辦理了土地使用權(quán)屬證書變更登記手續(xù)，只要土地使用者享有占有、使用、收益或處分該土地的權(quán)利，且有合同等證據(jù)表明其實質(zhì)轉(zhuǎn)讓、抵押或置換了土地并取得了相應的經(jīng)濟利益，土地使用者及其對方當事人應當依照稅法規(guī)定繳納營業(yè)稅、土地增值稅和契稅等相關(guān)稅收。
房地產(chǎn)企業(yè)轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)，計繳土地增值稅時，可以扣除已繳納的稅款。這些稅款包括：轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)時繳納的營業(yè)稅、城市維護建設(shè)稅、印花稅。
?。ㄒ唬敦斦?、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字〔1995〕048）號）規(guī)定，土地增值稅暫行條例細則中規(guī)定允許扣除的印花稅，是指在轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)時繳納的印花稅。房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)按照《施工、房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)財務(wù)制度》的有關(guān)規(guī)定，其繳納的印花稅列入管理費用，已相應予以扣除。其他的土地增值稅納稅義務(wù)人在計算土地增值稅時允許扣除在轉(zhuǎn)讓時繳納的印花稅。同時根據(jù)《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于印花稅若干政策的通知》（財稅〔2006〕162號）規(guī)定，對土地使用權(quán)出讓合同、土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓合同按產(chǎn)權(quán)轉(zhuǎn)移書據(jù)征收印花稅。
?。ǘ┮蜣D(zhuǎn)讓房地產(chǎn)交納的教育費附加，也可視同稅金予以扣除。城建稅由于隨營業(yè)稅隨征，在實際繳納營業(yè)稅時，據(jù)實扣除。
?。ㄈ┰跔I業(yè)稅的計稅扣除方面，根據(jù)《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于營業(yè)稅若干政策問題的通知》（財稅〔2003〕16號）規(guī)定，單位和個人轉(zhuǎn)讓在建項目時，不管是否辦理立項人和土地使用人的更名手續(xù)，其實質(zhì)是發(fā)生了轉(zhuǎn)讓不動產(chǎn)所有權(quán)或土地使用權(quán)的行為。對于轉(zhuǎn)讓在建項目行為應按以下辦法征收營業(yè)稅：（1）轉(zhuǎn)讓已完成土地開發(fā)或正在進行土地前期開發(fā)，但尚未進入施工階段的在建項目，按“轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)”稅目中“轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)”項目征收營業(yè)稅。
（2）轉(zhuǎn)讓已進入建筑施工階段的在建項目，按“銷售不動產(chǎn)”稅目征收營業(yè)稅。在建項目是指立項建設(shè)尚未完工的房地產(chǎn)項目或其他建設(shè)項目。同時根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）規(guī)定，整體轉(zhuǎn)讓未竣工決算房地產(chǎn)開發(fā)項目的也應按規(guī)定進行土地增值稅的清算。
在計稅依據(jù)的確定上，財稅〔2003〕16號同時規(guī)定，單位和個人銷售或轉(zhuǎn)讓其購置的不動產(chǎn)或受讓的土地使用權(quán)，以全部收入減去不動產(chǎn)或土地使用權(quán)的購置或受讓原價后的余額為營業(yè)額。營業(yè)額減除項目支付款項憑證必須是發(fā)票或合法有效憑證。
