然經(jīng)過(guò)了20年的探索與實(shí)踐，也取得了一定成效，但從現(xiàn)實(shí)情況看，我國(guó)的住房公積金仍存在較大缺陷，究其根源，更多是體制相悖、法制不嚴(yán)及制度設(shè)計(jì)所致。
1.制度設(shè)計(jì)上的缺陷與法律含糊導(dǎo)致繳存面狹窄，繳存比例差距較大。一是我國(guó)在設(shè)計(jì)勞動(dòng)和社會(huì)保障制度之初，僅將三險(xiǎn)(養(yǎng)老保險(xiǎn)、醫(yī)療保險(xiǎn)、失業(yè)保險(xiǎn))確定為強(qiáng)制繳存，“一金”(住房公積金)為用人單位和勞動(dòng)者之間商定繳存，不屬于強(qiáng)制繳存范疇。雖然按照《住房公積金管理?xiàng)l例》，住房公積金屬?gòu)?qiáng)制性繳納，單位不辦理住房公積金繳存登記或者不為本單位職工辦理住房公積金賬戶設(shè)立的，住房公積金管理機(jī)構(gòu)有權(quán)力責(zé)令限期辦理，逾期不辦理的，可以按《條例》的有關(guān)條款進(jìn)行處罰，并可申請(qǐng)人民法院強(qiáng)制執(zhí)行，但按照《條例》設(shè)計(jì)的象征性罰款致使違法成本很低，不足以震懾拒絕參與公積金的單位，事實(shí)上也沒(méi)聽(tīng)說(shuō)哪個(gè)單位因不參加住房公積金而被處罰。正是這種事實(shí)上的非強(qiáng)制性，導(dǎo)致公積金繳存兩極分化。截至2011年，住房公積金繳存覆蓋面約為全國(guó)城鎮(zhèn)職工的75%，但繳存覆蓋主要集中在黨政機(jī)關(guān)、事業(yè)單位和國(guó)有企業(yè)，在非公有制企業(yè)中，住房公積金繳存的覆蓋面僅為20%，這意味著80%的民營(yíng)企業(yè)職工沒(méi)有住房公積金覆蓋，在制度設(shè)計(jì)上就缺乏解決普通民眾住房剛需的機(jī)制。二是由于未規(guī)定繳存比例的上限，加上不同地區(qū)、不同行業(yè)、不同企業(yè)的收入差距拉大，各個(gè)地方繳存比例也五花八門，比如在北京公積金繳存比率是12%，上海市7%，廣州8%，而福州只有5%。差距較大的繳存比例加劇了各地各行業(yè)的苦樂(lè)不均，擴(kuò)大了收入差距。不僅如此，也正是因?yàn)槲匆?guī)定繳存比例的上限，一些壟斷性國(guó)有企事業(yè)單位大幅度提高職工個(gè)人住房公積金繳存比例，借以獲得同比例的國(guó)有資金配套，再利用虛假購(gòu)房合同套現(xiàn)，變相濫發(fā)獎(jiǎng)金，侵吞國(guó)家財(cái)富，人為地?cái)U(kuò)大了貧富差別，少數(shù)跨國(guó)集團(tuán)外資企業(yè)也提高管理層個(gè)人的繳存比例，借以逃避稅收。
2.非盈利機(jī)構(gòu)掌管與行政化管理導(dǎo)致資金使用效率低。住房公積金需要自我平衡，保值增值，但卻由屬于事業(yè)單位的政府非營(yíng)利機(jī)構(gòu)管理，這顯然不符合市場(chǎng)主體要求，從而出現(xiàn)了公積金收益少、管理低效和作用邊緣化等問(wèn)題。一是與商業(yè)資本相比，住房公積金投資渠道較少，大多僅限于購(gòu)買國(guó)債或存入國(guó)有商業(yè)銀行的定期存款，常常是滯后于物價(jià)指數(shù)步伐，甚至不如“余額寶”賺錢多，保值增值壓力很大。二是公積金使用不透明，繳存者對(duì)公積金投資去向不知情，少數(shù)地方政府甚至挪用住房公積金，同樣侵害了繳存者利益。三是行政化管理所導(dǎo)致的貸款條件繁瑣、苛刻與低效，難與商業(yè)信貸競(jìng)爭(zhēng)。由于手續(xù)繁雜，貸款到位慢，對(duì)市場(chǎng)變化不如商業(yè)銀行反應(yīng)快，造成住房公積金在信貸市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)中日益被動(dòng)。比如公積金貸款限額多年不變，而房?jī)r(jià)卻一路上漲，迫使許多購(gòu)房者只能放棄公積金貸款而選擇商貸，而一些低收入者因湊不齊首付也無(wú)法使用公積金。而且，由于保證金條件的制約及貸款到位效率低，一些開(kāi)發(fā)商也不愿接受住房公積金貸款，導(dǎo)致住房公積金住房融資地位出現(xiàn)邊緣化傾向。
3.使用上的無(wú)差別導(dǎo)致住房公積金難以為更多的群體解決住房問(wèn)題。我國(guó)住房公積金在使用上（提取公積金和公積金貸款）并無(wú)傾向中低收入群體的規(guī)定，致使公積金解決多數(shù)人剛需住房的作用不明顯。具體來(lái)說(shuō)，一是對(duì)提取公積金購(gòu)買什么類型什么目的的住房沒(méi)有任何限定（如只能購(gòu)買經(jīng)濟(jì)適用房或支付基本住房房租）；二是無(wú)論收入高低，使用公積金貸款都是同一個(gè)利率，一些低收入者即便繳納了公積金，卻因無(wú)法逾越購(gòu)房首付門檻，買不起房，而高收入者卻可以利用公積金的低利率買房投資獲利或改善住房條件。本來(lái)，建立住房公積金的初衷是為了解決廣大城鎮(zhèn)職工基本住房需求，但按目前的狀況，不僅這一目的難以達(dá)到，反而容易出現(xiàn)公積金使用上的“劫貧濟(jì)富”。
4.地區(qū)差別與地方利益導(dǎo)致公積金區(qū)間不流通，吸引力不強(qiáng)。與養(yǎng)老金和醫(yī)療保險(xiǎn)一樣，我國(guó)各地住房公積金同樣僅限于在本市使用，彼此之間不能流通、調(diào)劑、統(tǒng)籌、結(jié)算、提現(xiàn)和貸款，造成一些地區(qū)公積金供不應(yīng)求，需要嚴(yán)格控制貸款額度；而另一些地區(qū)資金又大量閑置，使用效率很低。在當(dāng)今人力資源大范圍流動(dòng)的情況下，區(qū)間不流通業(yè)已成為住房公積金的一個(gè)死結(jié)，不僅嚴(yán)重制約其融資作用的發(fā)揮并弱化了其吸引力，也妨礙了人力資源的自由流動(dòng)。
5.功能定位錯(cuò)誤導(dǎo)致公積金加劇了房地產(chǎn)市場(chǎng)的不穩(wěn)定。按照國(guó)家的政策初衷，公積金系用于解決基本住房需求。然而現(xiàn)實(shí)中，一些地方政府卻把公積金當(dāng)成了推升房?jī)r(jià)的政策工具。比如住房公積金對(duì)購(gòu)房者購(gòu)買剛需購(gòu)房還是改善購(gòu)房，購(gòu)買商品房、豪華別墅還是保障性住房均無(wú)限定，其結(jié)果更多是助推了房?jī)r(jià)上漲，而并未真正為解決大眾住房剛需發(fā)揮作用。在最近房地產(chǎn)市場(chǎng)風(fēng)雨飄搖的窘境下，北京、上海、廈門、廣州、杭州、武漢、長(zhǎng)沙等地有的簡(jiǎn)化了住房公積金提取手續(xù)，有的降低了住房公積金的提取和使用門檻，目的都是為了“救市”，這種偏離公積金本來(lái)作用的錯(cuò)誤定位很容易加劇業(yè)已存在的房地產(chǎn)不穩(wěn)定。
