目前，雖然現(xiàn)行的一些會(huì)計(jì)相關(guān)法律法規(guī)的適用范圍包括了科研事業(yè)單位，但是側(cè)重點(diǎn)卻基本放在企業(yè)方面。另外，在科研事業(yè)單位中，內(nèi)部控制也沒有與業(yè)績考核很好地掛鉤，缺乏約束力。因此，為建立和完善科研單位內(nèi)部控制制度，需加強(qiáng)以下措施。
區(qū)分單位的支出，加強(qiáng)對(duì)成本的核算。首先，單位應(yīng)明確成本核算對(duì)象。一般說來，科研事業(yè)單位應(yīng)以科研課題或部門為成本核算的對(duì)象；其次，要正確劃分成本與費(fèi)用之間的界限；再其次，要分清生產(chǎn)費(fèi)用與產(chǎn)品成本之間的界限，明確生產(chǎn)費(fèi)用與一定的時(shí)期相關(guān)聯(lián)，而與生產(chǎn)的產(chǎn)品無關(guān)；最后，還要認(rèn)真分清生產(chǎn)費(fèi)用與期間費(fèi)用的界限，明確生產(chǎn)費(fèi)用記入產(chǎn)品成本，期間費(fèi)用直接記入當(dāng)期損益。而且，期間費(fèi)用還必須進(jìn)一步劃分為管理費(fèi)用、營業(yè)費(fèi)用和財(cái)務(wù)費(fèi)用。
逐步將科研事業(yè)單位會(huì)計(jì)制度與企業(yè)會(huì)計(jì)制度合二為一。隨著市場經(jīng)濟(jì)的深化，科研事業(yè)單位的投資主體已發(fā)生變化，科研事業(yè)單位會(huì)計(jì)與企業(yè)單位會(huì)計(jì)的差別在縮小。首先，兩者的會(huì)計(jì)目標(biāo)逐漸趨于一致。作為科研事業(yè)單位，其接受其他單位的投資，必須滿足債權(quán)人對(duì)科研事業(yè)單位經(jīng)營情況和利潤情況了解的需求，要提供給債權(quán)人科研事業(yè)單位的償債能力信息以及自身發(fā)展?fàn)顩r等信息。其次，兩者的業(yè)務(wù)內(nèi)容趨于一致?？蒲惺聵I(yè)單位一般實(shí)行“核定收支、定額或者定向補(bǔ)助、超支不補(bǔ)、結(jié)余留用”的預(yù)算管理方法，且每年都會(huì)收到國家的科研經(jīng)費(fèi)投入。而科研單位通過科研活動(dòng)又能把科技成果轉(zhuǎn)化為生產(chǎn)力，創(chuàng)造經(jīng)濟(jì)效益。所以，可以將其作為企業(yè)的業(yè)務(wù)類型來對(duì)待。最后，在會(huì)計(jì)科目的設(shè)置、會(huì)計(jì)要素的確認(rèn)、計(jì)量等方面，兩者也具有一致性。
這些都為科研事業(yè)單位會(huì)計(jì)制度與企業(yè)會(huì)計(jì)制度合二為一提出了可能。
明確各項(xiàng)會(huì)計(jì)人員職責(zé)，提高會(huì)計(jì)人員業(yè)務(wù)素質(zhì)。在新《會(huì)計(jì)法》中規(guī)定：記賬人員與經(jīng)濟(jì)業(yè)務(wù)事項(xiàng)和會(huì)計(jì)事項(xiàng)的審批人員、經(jīng)辦人員、財(cái)務(wù)保管人員的職責(zé)權(quán)限應(yīng)當(dāng)明確，實(shí)行崗位分離、相互制約的機(jī)制。因此，在科研事業(yè)單位內(nèi)控管理中，首先應(yīng)明確會(huì)計(jì)人員的職責(zé)。其次，財(cái)會(huì)工作是一項(xiàng)專業(yè)性很強(qiáng)的工作，沒有一定的業(yè)務(wù)水平和職業(yè)道德難以勝任。因此，當(dāng)前進(jìn)行內(nèi)部控制的重點(diǎn)應(yīng)是盡快提高會(huì)計(jì)人員的職業(yè)道德和業(yè)務(wù)素質(zhì)。需要經(jīng)常通過業(yè)務(wù)培訓(xùn)和基礎(chǔ)工作建設(shè)，提高單位會(huì)計(jì)信息的真實(shí)性和準(zhǔn)確性。
建立和健全單位內(nèi)部的會(huì)計(jì)審計(jì)制度。單位內(nèi)部審計(jì)制度是加強(qiáng)內(nèi)部會(huì)計(jì)監(jiān)督，提高會(huì)計(jì)信息準(zhǔn)確性和可靠性的有效手段。在科研事業(yè)單位的審計(jì)中，要將原始憑證、記賬憑證、會(huì)計(jì)報(bào)表、賬簿等作為審計(jì)對(duì)象，以對(duì)內(nèi)控制度執(zhí)行情況進(jìn)行檢查作為審計(jì)的目標(biāo)，從而監(jiān)督單位內(nèi)部的各項(xiàng)規(guī)章制度和措施的實(shí)施情況。在審計(jì)工作中，首先要及時(shí)了解實(shí)踐中存在的各種問題，并積極反饋給單位領(lǐng)導(dǎo)，以提高單位的管理效率，以便進(jìn)一步完善制度。其次，要認(rèn)識(shí)到內(nèi)部會(huì)計(jì)控制制度涵蓋著單位中所有參與經(jīng)濟(jì)活動(dòng)的部門和人員，涉及的單位內(nèi)部管理和會(huì)計(jì)核算基礎(chǔ)最終是對(duì)人和事的管理和約束。最后，在建立內(nèi)部會(huì)計(jì)控制制度時(shí)，還必須控制好內(nèi)部會(huì)計(jì)控制、管理成本、單位利潤三者間的關(guān)系，認(rèn)識(shí)到內(nèi)控制度的效果與工作效率成反比，與管理成本成正比。
因?yàn)閮?nèi)控制度建立越完善，效果就越明顯，但相對(duì)的工作效率就會(huì)低一些，并且隨之帶來的管理成本必定會(huì)提高。所以，在制定內(nèi)控制度時(shí)，必須找出上述三者的平衡點(diǎn)。
