一是按照現行的會計制度，行政事業(yè)單位通過財政撥款或自有資金舉辦基建項目，不在行政事業(yè)單位賬目內核算(行政事業(yè)單位本身無基建類核算科目)。需要單設銀行基建賬戶、另設基建賬簿、按照建設單位會計制度單獨進行會計核算；在通過財政撥款舉辦基建項目時不經過單位賬目而直接進入銀行基建賬戶；在通過自有資金安排基建項目時，必須先將款項從單位賬戶轉到銀行基建賬戶，記入單位的“結轉自籌基建”科目，從而在單位賬上不能反映工程項目的具體內容。在通過自有資金安排基建項目時，如果不單獨設立銀行基建賬戶，在另設賬簿核算基建項目時，由于工程發(fā)票既要在行政事業(yè)單位核算，又要在基建賬目核算，不僅業(yè)務處理復雜不便于查閱，而且因基建財務另外設立使單位財務完整性受到了削弱。
二是政府收支分類改革后，行政事業(yè)單位的核算科目和核算辦法發(fā)生相應的變化。行政事業(yè)單位的收入和支出科目下，均需設置“基本支出”和“項目支出”二級明細科目；支出科目進一步細化，其中類級科目“基本建設支出”和“其他資本性支出”分為“房屋建筑物購建”、“基礎設施建設”、“大型修繕”、“信息網絡購建”等款級科目，從而為基建項目納入單位財務預留了空間。在這種情況下，行政事業(yè)單位通過財政撥款或自有資金安排基建項目，可列為行政事業(yè)單位的項目支出，按工程內容記入“房屋建筑物購建”、“基礎設施建設”、“大型修繕”、“信息網絡購建”等相關經濟科目，從而將基建收支反映到單位的大賬中，形成大口徑的收支概念，使單位財務報表全面的反映單位財務狀況；無需單獨設立銀行基建賬戶和將款項轉入基建戶，也無需記入無法反映基建項目具體內容的“結轉自籌基建”科目。與此同時，為了滿足撥人工程款、預付工程款等具體基建業(yè)務的核算，將建設單位會計制度中的會計科目按需要增加到行政事業(yè)單位賬目內，比照建設單位會計制度在行政事業(yè)單位進行基建業(yè)務的會計核算并自求平衡，同時要對基建財務活動單獨編制基建財務報表以反映基建財務狀況。如某事業(yè)單位用自有資金預付某工程隊辦公房工程款100萬元為例，簡要說明事業(yè)單位預付工程款的賬務處理。事業(yè)單位根據工程款支付發(fā)票及相關合同附件，編制兩筆分錄：一是事業(yè)單位工程支出分錄，借記“事業(yè)支出(項目支出)——房屋建筑物購建”(不記入結轉自籌基建科目)100萬元，貸記“銀行存款”100萬元；基建付款分錄(列收列支)，借記“預付工程款——某某工程隊”100萬元，貸記“基建撥款一自籌資金撥款”100萬元。將行政事業(yè)單位基建業(yè)務與日常經費業(yè)務合賬核算的處理方法，使行政事業(yè)單位基建項目核算由“兩張皮”(即單位基建業(yè)務與日常經費業(yè)務分賬核算)變成了“一張皮”(即單位基建業(yè)務在行政事業(yè)單位賬目內核算)，使單位財務更加完整，實務操作更為簡化。此外，基建科目的單獨設置自求平衡和基建報表的單獨編制也能避免基建業(yè)務與日常經費業(yè)務的相互混淆核算不清問題，有利于提高行政事業(yè)單位基建項目的核算效率。
